90%的儿童便秘是功能性便秘。长期以来，人们认为功能性便秘无器质性病变，儿童除偷便秘外，其它各方面与无便秘的儿童没有任何区别。但是，随着医学科学的发展，现已发现，功能性便秘儿童的肛管静息压比无便秘的正常儿童高，排便时其肛门外括约肌不是放松，而是收缩；直肠内B超发现，功能性便秘儿童的肛门内括约肌增厚；血清生化检查发现，功能性便秘儿童的血清胰多肽水平增高，肠蠕动素水平下降。有学者报道，20%的功能性便秘儿童有精神因素，例如沉溺玩耍、父母不和、有了弟妹、搬家、转学以及学习负担过重。
儿童便秘应请小儿内、外科医师诊治。在制订治疗计划前，要先排除其它原因引起的便秘：①肛门直肠疾病。例如便秘儿童的大便干硬，易损伤肛管而发生肛裂。肛裂引起大便时肛门疼痛，儿童可因惧怕肛门疼痛而憋便，憋便时间越长，大便越硬，排便时肛门越痛，形成恶性循环。有报道指出，约25%的功能性便秘憋便有肛裂。②神经源性便秘。例如先天性巨结肠症、神经源性肠发育不良、脑脊膜膨出症以及及瘫。③内分泌和代谢病继发便秘,例如甲状腺功能低下、隐性糖尿病、肾性酸中毒以及高钙血症。④药物引起的便秘，例如长期服用抗癫痫药或含可待因的药物。
在功能性便秘的治疗上，首先应通过教育，使患儿父母和年长儿童获得正常排便和预防便秘的知识，排除影响排便的精神因素，学会正确大便训练方式，掌握灌肠或使用开塞露等简单的操作方法。其次，清除积聚的大便，常用方法有灌肠，如用0.9%生理盐水或1：1牛奶蜜灌肠，避免用肥皂水或自来水灌肠。干硬的大便可用戴橡胶手套的手指掏出。另外，在医生指导下服用泻剂，如蕃泻叶、镁乳、杜秘克、石蜡油等。如果儿童能正常进食谷类、面食、蔬菜、水果或果汁，一般不需要额外补充纤维素。养成每天定时大便习惯很重要，要指导儿童学会坐便盆大便。小儿进食后通常会产生胃结肠反射，家长要充分利用这种反射让孩子在进食后大便。
