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小儿腹泻的治疗包括三个方面，即药物治疗、饮食治疗、液体疗法。
(一)药物治疗
1.如何正确使用抗菌药：
药物治疗的首要问题是如何正确使用抗菌药。根据我国腹泻病原体的构成比例及大量临床实践证明，我国大部分感染性腹泻不需要抗菌药物治疗而能痊愈，需要用抗菌药治疗的腹泻仅限于下列几种：霍乱、婴幼儿沙门菌肠炎、各种重症腹泻、免疫功能低下的人群腹泻，大约共占整个腹泻的30%左右。 如何判断是否需要抗菌治疗，病原学诊断十分重要，但实验室对病原的诊断需要条件、需要时间、而且阳性率不高，要求临床医生根据临床特点能在短时间内做出初步判断。其判断标准大致可依据几点：(1)血便；(2)有里急后重；(3)大便镜检白细胞满视野；(4)大便PH值大于7.0。
对于大约30%的感染性腹泻，需要应用抗菌药治疗，且必须应用敏感抗菌药，可加速病原体的清除，缩短病程，提高治愈率。有效抗菌药使菌痢治愈率95%以上，体温24小时以内降至正常，大便培养平均阴转时间在2天以内，腹痛、腹泻等症状3～4天消失。
2.黄连素：
比较302医院近30余年以各种抗菌药对两万多例菌痢的疗效，发现一条规律：磺胺、合霉素、土霉素、四环素、痢特灵、氨苄青霉素、TMP、复方新诺明、氟喹诺酮药，均在应用若干年后，疗效逐年下降，唯有黄连素(小檗碱)单一应用疗效中等，但效果稳定，不易发生耐药，与某些药物联合应用，可提高疗效。动物实验发现：黄连素、黄连、黄柏、黄芩、苦参、苍术等中药，均有消除R质粒作用。我国是唯一能人工合成小檗碱的国家，价廉、易得，同时该药副作用最小，值得推广应用。近年国内学者发现，小檗碱在人体内存留时间长达33小时，故服药方法可简化为一天一次。
3.第三代头孢菌素及氧头孢烯类抗生素：
腹泻病原菌普遍对本类药敏感，包括治疗最为困难的多重耐药鼠伤寒沙门菌及志贺菌，临床疗效好，副作用少，但价格贵，又需注射给药，故不作为临床一线用药，仅用于重症及难治性患者。对青霉素过敏者慎用。常用品种有头孢噻肟、头孢三嗪、拉氧头孢等。
4.氨基糖甙类及多肽类抗生素：
本类对腹泻病原菌敏感率40%～90%，耐药率10%～25%，临床疗效仅次于第三代头孢菌素与环丙沙星、氧氟沙星。由于对儿童副作用较大，可采用口服途径使吸收减少而减轻副作用，但疗效亦随之降低。故庆大霉素已很少使用。妥布霉素、奈替米星及阿卡米星对沙门菌疗效较好，妥布霉素及多粘菌素 B 口服，仍用于菌痢及大肠杆菌肠炎。
5.磷霉素：
2004年药敏显示，对常见腹泻病原菌药敏率均在93%以上，口服磷霉素治疗菌痢等腹泻，治愈率90%以上，但应注意对肾功能的损害。
6.其它：
空肠弯曲菌肠炎首选红霉素。隐孢子虫肠炎口服大蒜素片，或硝唑尼特(nitagoxanide)。MRSA肠炎首选万古霉素口服。不需要用抗菌药治疗的腹泻，每年达数亿人次，如何正确处理是临床医生面临的重要问题，合理用药可以改善症状，缩短病程，提高治愈率，主要药物可考虑使用微生态制剂、中药、肠粘膜保护剂等。
(二)液体疗法 腹泻病治疗的第二个原则是液体疗法，不仅要治疗脱水，还要预防脱水。对所有腹泻患儿，均必须口服足够的液体，可选用米汤加盐，糖盐水或ORS(口服补液盐)，能喝多少给多少，主要保持尿量在正常范围。对于已有脱水患儿，仍采用ORS治疗，头4小时用量为体重(Kg)x75ml ，六月龄以下患儿，加服白开水100～200ml 。对于重度脱水者，需立即静脉补液，同时注意补钾、补钠，纠正酸中毒，必要时补镁。
(三)饮食疗法
腹泻治疗的第三个治疗原则是饮食疗法，将饮食疗法作为腹泻治疗的一个原则是近年来的新突破。腹泻对人体的主要危害是导致营养不良，小儿腹泻病在一定意义上是一种营养性疾病。急性轻型腹泻发病后，70%以上小儿可影响体重正常增长。有报告，体重增长停顿或下降的儿童中，40%以上由腹泻引起，慢性腹泻、重症腹泻患者，营养不良更为严重。营养不良又使腹泻迁延不愈，二者呈恶性循环，传统的“饥饿疗法”可加重营养不良，故腹泻患儿应继续进食，对重症患儿，吐泻严重者，可短暂禁食。腹泻时肠道吸收功能尚部分存在，继续进食可以促进胃肠功能的恢复，故继续进食是治疗营养不良的重要方法。 常见肠道营养配方：
(1)Pregestimil：由水解酪旦白、玉米糖浆等组成；
(2)Alfare：由乳清旦白、麦芽糊精等组成；
(3)Lsomil：由豆旦白、玉米糖浆组成；
(4)Similac：由无脂肪牛奶等组成；
(5)国内唯一配方由302医院研制，由奶粉、米粉、豆粉等组成，符合中国人的肠道特点和饮食习惯。原料来源丰富，适于在广大农村和基层卫生单位推广应用。除饮食配方外，在特殊情况下，尚可采用要素饮食及静脉营养。
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